Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKES) Cendekia Utama Kudus didirikan pada tanggal 30 Desember 2003 berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 199/D/O/2003. Penerimaan mahasiswa dilaksanakan mulai Tahun Akademik 2004/2005. STIKES Cendekia Utama Kudus berada di bawah naungan Yayasan Islam An-Nabil Kudus. Pada tahap awal, STIKES Cendekia Utama Kudus menyelenggarakan 2 Program Studi yaitu S1 Ilmu Keperawatan dan S1 Ilmu Kesehatan Masyarakat. Kedua Program Studi tersebut telah TERAKREDITASI BAN-PT pada tahun 2011.
Awal berdirinya STIKES Cendekia Utama Kudus mengontrak di kampus AKPER Krida Husada. Pada tahun 2008 STIKES Cendekia Utama Kudus pindah lokasi dan menempati Kampus Baru di Jalan Lingkar Raya Kudus – Pati KM. 5 Desa Jepang Kecamatan Mejobo Kudus yang sangat representatif untuk pelaksanaan kegiatan pendidikan/pengajaran, penelitian, dan pengabdian masyarakat.
Pada tahun 2012, Penambahan Program Studi Profesi Ners dengan Surat Keputusan 161/E/O/2012 tanggal 04 Mei 2012.
Pada tahun 2013,Penambahan Program Studi D-3 Farmasi dengan Surat Keputusan 17/E/O/2013 tanggal 15 Januari 2013.
Pada tahun 2014, Penambahan Program Studi S-1 Farmasi dengan Surat Keputusan 192/E/O/2014 tanggal 01 Juli 2014.
Hari Rabu, 20 April 2022, Penyerahan Surat Keputusan Institut Teknologi Kesehatan Cendekia Utama Kudus, bertepatan dengan bulan Ramadhan yang penuh berkah tahun ini. Dengan demikian, izin penggabungan Akademi Keperawatan Krida Husada Kudus dengan Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Cendekia Utama Kudus telah mendapatkan pengakuan dan resmi sesuai dengan Surat Keputusan Kementrian Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Nomor 241/E/O/2022 tanggal 1 April 2022. Hal ini menjadikan Institut Teknologi Kesehatan Cendekia Utama Kudus menjadi Institut Kesehatan pertama dan satu-satunya di Kabupaten Kudus.