Organisasi kemahasiswaan intra perguruan tinggi adalah wahana dan sarana pengembangan diri mahasiswa kearah peluasan wawasan dan peningkatan kecendikiawanan serta intergritas kepribadian untuk mencapai tujuan pendidikan tinggi. Sebagai upaya mencapai tujuan tersebut Badan Eksekutif Mahasiswa STIKES Cendekia Utama Kudus pada tanggal 27 Juni 2014 menyelenggarakan pemilu raya untuk memelikih Presiden Badan Eksekutif Mahasiswa (BEM) STIKES Cendekia Utama Kudus untuk masa bhakti 2014-2015 yang di ikuti dua pasang calon. Pemilu raya tersebut di ikuti oleh seluruh mahasiswa STIKES Cendekia Utama Kudus, baik dari Program Studi Ners, Program Studi S1 Ilmu Keperawata, S1 Ilmu Kesehatan Masyarakat dan Program Studi D III Farmasi.
